Юрий Петрович Щекочихин родился в Кировабаде 9 июня 1950 года. В 1975 году он окончил Московский Государственный университет и получил диплом журналиста.
Его первая публикация — в газете «Московский комсомолец» — состоялась в 17 лет. Еще будучи студентом, Юрий начал вести молодежную рубрику «Алый парус» в газете «Комсомольская правда» и продолжал до 1980 года.
В 1980 году Юрий Щекочихин перешел в редакцию «Литературной газеты», где до июля 1996 года занимал должность редактора отдела расследований. С 1996 года Юрий занимал аналогичную должность в «Новой газете».
Темой для большинства публикаций журналиста было состояние российской армии, положение пленных в Чечне, коррупция, проблемы общества. В 1995 году Юрий Щекочихин придумал программу «Специальная бригада», которая вела журналистские расследования, и сам стал ее ведущим. Программа просуществовала недолго.
Юрий Щекочихин состоял в политической партии Григория Явлинского «Яблоко» и трижды избирался народным депутатом. В Государственной думе он входил в состав Комитета по безопасности Госдумы и Комиссии по борьбе с коррупцией в органах государственной власти.
Являлся он и экспертом ООН по вопросам организованной преступности. Вел расследования и публиковал острые статьи по данным вопросам. Кроме статей, Юрий Щекочихин писал пьесы, сценарии к фильмам, прозу.
Умер Юрий Петрович Щекочихин 3 июля 2003 года в Москве от тяжелой интоксикации. Существует версия, что он был отравлен.