Иван Степанович Мазепа родился 20 марта 1639 года (по другим данным - в 1644 году) в селе Мазепинцы под Белой Церковью. Первый документально известный предок будущего гетмана, прадед Ивана Мазепы – Николай Мазепа-Колединский. Ему за военную службу был пожалован польским королем хутор на речке Каменице, впоследствии село Мазепинцы.
Иван Мазепа учился в Киево-Могилянском коллегиуме, затем – в Иезуитском коллегиуме в Варшаве. Позже, по воле отца, был принят при дворе польского короля Яна Казимира, где состоял в числе «покоевых» дворян. Близость к королю позволила Мазепе получить образование: он учился в Голландии, Италии, Германии и Франции, свободно владел многими языками.
Перейдя к казакам, Мазепа поступил на службу к гетману Дорошенко и дослужился до звания генерального писаря. Когда дело Дорошенко было проиграно, он перешел на сторону Самойловича и сблизился с ним. При Самойловиче Мазепа сделался генеральным есаулом. После свержения Самойловича на коломацкой раде в 1687 году Мазепа был избран гетманом.
Он отдает много сил и средств на возрождение гетманской Украины. Резиденция гетмана – город Батурин – становится культурно-образовательным центром Украины и Европы. Мазепа берет под свою опеку Киево-Могилянскую коллегию, превратив ее в академию, поднимает ее до уровня европейского университета. В роли гетмана Мазепа принял участие во втором крымском походе Голицына.
В 1708 году он перешёл на сторону противника Московского государства в Северной войне — шведского короля Карла XII, почти за год до его разгрома московской армией. За выступление против московского царя был предан гражданской казни с лишением титулов и наград, которые он получил в Российской империи. Русская Православная Церковь предала Мазепу анафеме.
После поражения Карла XII под Полтавой (1709) он бежал в Османскую империю.
Иван Мазета скончался в городе Бендеры (ныне Молдавия) (28 августа) 8 сентября 1709 года (по другим данным это произошло (21 сентября) 2 октября 1709-го). Тело Мазепы перевезли в Галац и похоронили в монастыре святого Георгия.