История компании началась в 1993 году с объединения двух предприятий – комплекса по откорму крупного рогатого скота «Восход» и комбикормовый завод.
В 1994 году в состав «Агрокомплекса» вошел Выселковский элеватор, что позволило компании хранить и перерабатывать собственное зерно. В период с 1995 по 2005 год в состав компании также вошли маслозавод «Бейсугский», несколько птицефабрик и других предприятий, увеличились посевные площади.
В 2008 году ЗАО фирма «Агрокомплекс» было включено в список из 295 системообразующих предприятий России.
В 2009 году начата реконструкция комбикормового завода, за счет чего увеличивается объем производимой продукции.
В последующие годы в холдинг входит еще несколько разных предприятий:
• В 2010 году с присоединением предприятия «Ордынское» у «Агрокомплекса» появляется новая отрасль – рисоводство.
• 2011 год. Произведена реконструкция сахарного завода «Кристалл».
• 2012 год. В состав холдинга входят новые предприятия, в их числе «Чебургольское», «Россия», «Шкуринское», предприятие им. И. И. Гармаша.
• 2014 год. Присоединяются «Нива», «За мир и труд», «Заветы Ильича», ЗАО «Староминский элеватор», ООО «Кубанский бекон».
• 2015 год. В «Агрокомплекс» входят группа «Валинор» (14 предприятий, 3 элеватора), 2 сахарных завода, убойный комплекс АО «Киево-Жураки» и ряд элеваторов. Производится реконструкция предприятия «Молоко-2».
За счет новых активов появляются новые посевные площади, происходит существенное развитие отрасли растениеводства.
В 2016 году «Агрокомплекс» признан лидером по молоку в России. Начато строительство нового сырзавода в станице Выселки.
По итогам 2017 года «Агрокомплекс» вошел в пятерку лидеров по объемам производства сахара в России.
В 2018 году компания запустила самый современный в России сыроваренный завод – «Сыры Кубани».
В 2019 году у компании появился собственный завод по переработке сои – он был построен на производственной площадке входящего в холдинг ОАО «Славянский комбинат хлебопродуктов». На заводе используется уникальная механическая и термическая обработка, аналогичным способом работает всего один европейский завод.
В 2020 году компания провела ребрендинг, изменив название бренда с «Агрокомплекс» на «Агрокомплекс Выселковский».
В 2021-2022 году реконструирован мясокомбинат в станице Медвёдовской, появилось производство сырокопчёной и варёнокопчёной колбасы, а также деликатесных изделий.
В 2023 году бренд компании – «Агрокомплекс Выселковский» – признан лучшей фирменной сетью местного производителя. Компания постоянно расширяет ассортимент производимой продукции, а также развивает собственный интернет-магазин.
