Основателем компании стал Денис Котов, который в конце 2000 года открыл первый магазин «Буквоед» в Санкт-Петербурге. Через два года количество магазинов достигло семи, инвестором проекта стало издательство «Эксмо». В 2004 году магазины «Буквоед» разделились на три формата торговли – «мини-магазин», «книжный магазин» и «книжный супермаркет».
В 2005 году компанией запущен новый проект под названием «Культурная среда» – в магазинах «Буквоед» проводятся встречи с писателями, художниками, музыкантами и другими интересными людьми. Кроме того, появляются «книжные клубы» с кофейней, детской зоной и сценой, с круглосуточным режимом работы. В этом же году открываются первые магазины «Буквоед» за пределами Санкт-Петербурга – в Великом Новгороде и Тосно.
В 2008 году книжная сеть «Буквоед» объединяется с торговой сетью «Новый книжный» (позднее – «Читай-город»). В этом же году открыт 30-й магазин «Буквоед», в Архангельске.
Спустя некоторое время один из центральных магазинов в Санкт-Петербурге меняет формат – теперь это «Парк культуры и чтения «Буквоед», занимающий целых три этажа. Ещё один из магазинов перепрофилирован в центр мировоззренческой литературы «Во всех смыслах».
В 2016 году книжная сеть открывает свой сотый магазин. Объединённая торговая сеть «Читай-город – Буквоед» становится одним из лидеров по количеству книжных магазинов в Европе.
В 2019 году начат ребрендинг магазинов «Буквоед», компания сменила стиль впервые за 19 лет существования. За время своей работы компания награждена премией «За новаторство в книжном бизнесе», ей присуждена «Петербургская марка качества», а в 2019 году заняла 26 место в рейтинге «100 успешных брендов Петербурга».
В 2020 году президент холдинга «Эксмо-АСТ» Олег Новиков выкупил 56% акций объединённой розничной сети «Читай-город – Буквоед».
Среди ассортимента магазинов «Буквоед» можно найти не только книги, но и сувениры, канцелярские принадлежности, товары для творчества и другие нужные вещи.
