В 2009 получен товарный знак МойСклад. Число клиентов превысило 50.
В 2010 сервис синхронизировали со всеми популярными движками коммерческих интернет-магазинов.
В 2012 выпущено специальное приложение для кассиров – Касса МойСклад. Оно позволяет автоматизировать работу розничных магазинов и сетей торговых точек.
В 2013 году сервис МойСклад награжден Гран-при премии «Облака 2013». Эту отраслевую награду в области развития и популяризации облачных технологий в России.
В 2014 введен бесплатный тариф для начинающих предпринимателей.
В 2015 запущена мобильная версия приложения для Android и iOS. Открыто бесплатное обучение для предпринимателей, проходящее в онлайн и офлайн форматах.
В 2017 реализована интеграция со всеми популярными онлайн-кассами. Открыта партнерская сеть продаж сервиса в России и зарубежных странах.
В 2018 МойСклад становится резидентом инновационного фонда Сколково.
В 2019 осуществлена бесшовная интеграция с системой Честный Знак, позволяющая бесплатно работать прямо из сервиса с кодами маркировки
В 2020 МойСклад запустил собственный магазин созданных независимыми разработчиками приложений, расширяющих возможности сервиса.
В 2021 запущено решение по автоматизации производственных компаний. Предпринимателям предоставлена возможность подключения своих точек к Системе Быстрых Платежей.
В 2022 компания выходит на индийский рынок под брендом В 2022 г. Также состоялось открытие офиса в Казахстане.
В 2024 году число клиентов компании превышает 3 000 000 пользователей. Продолжается активное развитие сервиса.