Прототип программного обеспечения Staffcop Standard создан в 2004 году. Однако спустя некоторое время стало понятно, что он нуждается в переписывании и доработке.
В 2012 году открыт офис компании в Новосибирске. Принятый в этого время закон о защите профессиональных данных стал подтверждением того, что направление деятельности выбрано правильно.
В 2013 начинается реализация новой архитектуры проекта. Правильно выбранный подход позволил Staffсop Enterprise опередить время на несколько лет.
С 2014 года и по сегодняшний день компания продолжает активно развиваться и расти.За 2018 – 2020 компания получает сертификат ФСТЭК, становится участником Сколково, регистрирует собственный товарный знак. В настоящее время «АТОМ БЕЗОПАСНОСТЬ» – резидент технопарка «Новосибирский инновационный фонд», расположенного в Академгородке.
Постоянный рост спроса на продукцию компании привел к тому, что в 2019 году выросло число удаленных сотрудников.
В 2021 году ООО «АТОМ БЕЗОПАСНОСТЬ» вошла в группу компаний СКБ КОНТУР.
По состоянию на 2022 год предприятие имеет архитектуру и логику, которые позволяют закрывать потребности клиентов, связанные с утечкой информации. Кроме того, программное обеспечение от ООО «АТОМ БЕЗОПАСНОСТЬ» позволяет администрировать рабочие станции и вести учет рабочего времени персонала.