Компания создана в 1999 году. Ее цель – обеспечить полный цикл производства безопасной, качественной, доступной и эффективной продукции.
В 2003 получена лицензия на производство лекарственных средств. Состоялся выход на рынок.
В 2004 начаты продажи первого российского средства, предотвращающего выпадение волос и стимулирующего их рост. Лекарственные средства выпускаются в различных формах.
В 2007 создана служба науки, занимающаяся разработкой оригинальных лекарственных препаратов.
В 2010 компания стала резидентом специальной экономической зоны «Санкт-Петербург», на территории которой, спустя пять лет, построила инновационно-производственный комплекс по разработке и выпуску лекарственных препаратов.
Компания стала лидером рейтинга самых быстрорастущих компаний среди 100 производителей лекарств за 2015 год по данным DSM Group.
В 2016 одержана победа в ежегодном всероссийском открытом конкурсе фармацевтической отрасли «Платиновая унция» в номинации «Вектор года», подноминации «Проект года. Бизнес проект». Компания вошла в тройку лидеров российских производителей лекарственных препаратов, наиболее повлиявших на фармацевтический рынок в этом году.
В 2017 году компания получила Премию Правительства РФ в области качества и премию правительства Петербурга «Лучший инновационный продукт-2017» за оригинальный комбинированный препарат для применения в гинекологии и дерматовенерологии.
Компания не раз занимала лидирующие места в профессиональных рейтингах и получала награды. Их полный перечень можно посмотреть на официальном сайте. Однако самое неожиданное признание своих заслуг «Вертекс» получил от партнеров: сертификат RUS 90484 от 16 ноября 2017 года, подтверждающем внесение записи о присвоении имени в «Международный каталог небесных тел». Название звезде дано в честь первого оригинального комбинированного препарата, выпущенного компанией.