Компания «ЯТЭК» отсчитывает свою историю от 1967 года, когда было основано и приступило к работе ПО «Якутгазпром». В этом же году состоялась первая подача газа к Якутской ТЭЦ.
В 1970 годы было запущено Мастахское месторождение, где впоследствии организовали переработку газового конденсата. В 1978 году там были получены первые опытные партии котельно-печного топлива и автомобильного бензина.
В 1986 году запущена первая установка по переработке нестабильного газового конденсата на Средневилюйском газоконденсатном месторождении.
В 2003 году ОАО «Якутгазпром» переименовано в ОАО «Якутская топливно-энергетическая компания».
В 2010 году компания начала развивать свою сеть автозаправочных станций в нескольких районах Якутии.
В 2015 году введен в эксплуатацию газоперерабатывающий завод.
В 2019 году компания «ЯТЭК» перешла в управление новому собственнику «А-Проперти».
В 2020 году компания «ЯТЭК» вошла в список системообразующих предприятий РФ в сфере топливно-энергетического комплекса.
В 2021 году ПАО «ЯТЭК» выиграло семь аукционов Роснедр на пользование недрами в нескольких районах Якутии. Кроме того, в этом году компания провела ребрендинг.
В настоящее время ПАО «ЯТЭК» продолжает работу. Компания проводит сейсморазведочные работы для увеличения ресурсной базы компании, снабжает республику газом и топливом. При текущем объеме добычи ЯТЭК обладает запасами природного газа на срок более 150 лет и газового конденсата на срок более 100 лет.