13 мая 2000 года вышел Указ Президента РФ «О полномочном представителе Президента Российской Федерации в федеральном округе». Этим же Указом в России были созданы семь федеральных округов и утвержден их перечень.
Таким образом был преобразован существовавший ранее институт полномочных представителей Президента в регионах России в институт полномочных представителей Президента в федеральных округах. Это было сделано в целях повышения эффективности деятельности федеральных органов государственной власти и совершенствования системы контроля за исполнением их решений.
Полпред является должностным лицом, представляющим Президента в пределах соответствующего федерального округа. Он обязан обеспечивать реализацию конституционных полномочий главы государства в пределах соответствующего федерального округа. Полпред является федеральным государственным служащим и входит в состав Администрации Президента РФ.
Полпред подчиняется непосредственно Президенту РФ и подотчетен исключительно ему. Он назначается на должность и освобождается от нее главой государства, по представлению руководителя Администрации президента, на срок, определяемый Президентом, но не превышающий срока исполнения главой государства своих полномочий.
В задачи этого должностного лица входит, прежде всего, организация контроля над исполнением в федеральном округе решений федеральных органов власти, представление Президенту регулярных докладов о положении дел в регионе, посредничество во взаимодействии президентских структур с органами государственной власти субъектов федерации и т.д.
Система федеральных округов, образованная согласно Указу, представляет собой совокупность нескольких (первоначально — семи) структурных единиц нового политического деления России. Федеральные округа не являются субъектами или иной конституционной частью административно-территориального деления страны и были созданы по аналогии с военными округами и экономическими районами, но не совпадали с их количеством и составом.
В момент их учреждения в 2000 году было создано 7 федеральных округов — Центральный, Северо-Западный, Южный, Приволжский, Уральский, Сибирский и Дальневосточный. Первым изменением их количества (увеличением до восьми) и состава стало выделение Северо-Кавказского федерального округа из Южного федерального округа на основании указа Президента РФ Д. Медведева от 19 января 2010 года. В марте 2014 года указом Президента РФ В. Путина был создан девятый федеральный округ — Крымский, в состав которого входят два субъекта — Республика Крым и город федерального значения Севастополь.
Третье изменение произошло в 2016 году, когда Крымский федеральный округ вошёл в состав Южного федерального округа. А четвёртое изменение — в 2018-м — Бурятия и Забайкальский край перешли из Сибирского федерального округа в Дальневосточный.
Почти все округа состоят преимущественно или только из субъектов федерации. Единственным из округов, который почти полностью состоит из республик, является Северо-Кавказский округ. В округах определены города-центры, в которых размещаются их руководяще-координирующие органы в виде полпреда президента, его аппарата и управлений федеральных ведомств.