Во второй половине 17 века, во время царствования Фёдора Алексеевича, недовольство московских стрельцов росло всё больше – казна была пуста, жалование им выплачивалось нерегулярно, старшие командиры стрелецкого войска часто злоупотребляли своим положением.
В мае 1682 года царь Фёдор Алексеевич умер, не оставив прямого наследника. На русский престол претендовали два его брата – Иван и Пётр. Достигла кульминации борьба между двумя боярскими родами – Милославских и Нарышкиных. От того, кто станет царём, зависело – какой из этих кланов займёт положение ближних бояр – советников царя при принятии важнейших государственных решений, распределяющих высшие должности в государстве и распоряжающихся царской казной. Боярская дума и патриарх склонились в пользу Петра, и в апреле 1682 года он был провозглашен царём.
Умная и энергичная царевна Софья, из рода Милославских, решила изменить ситуацию в свою пользу. Милославские стали сеять смуту среди стрельцов, распространяя слухи, что теперь, под властью Нарышкиных, их ждут ещё большие притеснения и лишения. Стрельцы начали волноваться, участились случаи неповиновения начальству.
(15) 25 мая 1682 года стрельцы бросились с оружием в Кремль и захватили его. Члены царской семьи оказались заложниками мятежников. Нарышкин был предан пытке и казнён. Государственная власть была уничтожена: царём номинально оставался малолетний Пётр, царица Наталья Кирилловна – регентшей, но никакого дееспособного правительства у них не было: все их родственники и сторонники были либо перебиты, либо бежали из Москвы, спасаясь от стрельцов. Это положение длилось с 1682 по 1689 год.
Стрельцы оказались господами положения, диктовавшими свою волю правительству – предъявляли требования об увеличении льгот и регулярной уплате жалования. Ставший во главе восстания начальник Стрелецкого приказа князь Хованский хотел вернуть утраченное влияние боярской аристократии.
Однако правительству Софьи, опиравшемуся на поддержку дворянства, в условиях перехода к регулярной армии, стрельцы как категория служилых людей оказались не нужны. В результате решительных действий, князь Хованский и его сын Андрей в сентябре 1682 года были схвачены и казнены. Стрельцы постепенно утратили не только былые права, но и средства к существованию.
Смута не сразу улеглась. Её новая вспышка вынудила Ивана, Петра и Наталью Кирилловну бежать временно в Троице-Сергиеву Лавру. Патриарх Иоаким был посредником, увещевателем «расходившихся» стрельцов. По его ходатайству бунтовщики были прощены. В ноябре 1682 года царский двор из бегства вернулся в Москву.