В 1869 году чешский инженер Эмиль Шкода (чеш. Emil Škoda, 1839-1900) приобрел небольшой механический завод в городе Пльзень (Чехия). Со временем завод превратился в одно из крупнейших машиностроительных предприятий Австро-Венгерской империи. В 1905 году там началось изготовление тяжелых армейских грузовиков и тягачей «Шкода».
После распада Австро-Венгрии, с 1919 года, завод «Шкода» (Škoda Auto) стал одним из ведущих предприятий новорожденной Чехословакии. Тогда же в его структуре был открыт цех для изготовления автомашин гражданского назначения. В 1921 году появились первые 3-тонные грузовики «Шкода», а в 1923 году, в локомотивном цехе завода, по лицензии английской фирмы «Сентинел» началась сборка и пятитонных паровых грузовиков.
Летом 1925 года начался новый этап в развитии фирмы, когда в состав Пльзеньского промышленного комбината была включена фирма «Лаурин-Клемент» из города Млада Болеслав, также получившая наименование «Шкода». С этого времени производство разработанных там грузовиков было переведено в Пльзень. К концу 1920-х годов в Млада Болеславе выпускались уже не только грузовики «Шкода», но и легковые автомобили той же марки.
15 декабря 1926 года в чешском городе Пльзень была зарегистрирована эмблема автомобилестроительной фирмы «Шкода» – крылатая стрела с пятью стилизованными перьями. Одним из авторов идеи считается коммерческий директор ŠKODA в Пльзене.
После аннексии Чехословакии гитлеровской Германией, предприятие стало обслуживать потребности немецкой армии и работало на войну, занимаясь также самолетостроением. После разгрома нацизма во Второй мировой войне автогигант «Шкода» превратился в крупнейший индустриальный комплекс в уже социалистической Чехословакии.
В 1990 году комбинат перешел под контроль немецкой автопромышленной группы «Фольксваген». В настоящее время Škoda Auto a.s. является крупнейшим чешским экспортером и одним из крупнейших чешских работодателей. Автомобили Škoda продаются более чем в 100 странах мира.