Владимир Иванович Хотиненко родился 20 января 1952 года в городе Славгороде Алтайского края. После окончания школы около года работал художником-конструктором на Павлодарском тракторном заводе, затем был призван в армию. После демобилизации поступил в Свердловский архитектурный институт, который окончил в 1976 году.
В 1978 году пришел на работу в Свердловскую киностудию, в качестве художника-оформителя принимал участие в создании фильмов «Гонка с преследованием», «Дым Отечества», «Казачья застава», «Вот такая музыка».
В 1981 году Владимир Хотиненко окончил Высшие курсы сценаристов и режиссеров. Первым фильмом Хотиненко-режиссера стал фильм «Один и без оружия», который он снял в паре с П. Фархутдиновым в 1984 году. В фильме «Зеркало для героя» (1987) Хотиненко проявил себя как многообещающий постановщик. Благодаря фильмам «Макаров» (1993) и «Мусульманин» (1995), он смог занять место среди ведущих российских режиссеров.
Большой успех имели такие его режиссерские работы как: «Гибель империи» (2004), «72 метра» (2003), «1612» (2007), «Поп» (2009), «Достоевский» (2011), «Бесы» (2014), «Наследники» (2015), «Демон революции» (2017-2019).
Хотиненко также снялся в нескольких фильмах: «Родня», «Самолет летит в Россию», «Достоевский» и других, написал сценарии к некоторым своим фильмам, был их продюсером.
Заслуженный деятель искусств Российской Федерации, Народный артист России, кавалер ордена Почёта — Владимир Иванович является лауреатом премий различных кинофестивалей.
Помимо режиссерской и актерской работы, Хотиненко также занимается педагогической деятельностью — он преподает режиссуру игрового кино во ВГИКе и на Высших курсах сценаристов и режиссеров, руководит Мастерской Факультета режиссуры в Московском институте телевидения и радиовещания «Останкино», а еще является членом Патриаршего совета по культуре (РПЦ) и членом Общественной палаты РФ. Живет и работает в Москве.
