В независимом Кыргызстане День пограничника (Кыргызстандын чегарачысынын күнү), отмечаемый 28 мая, был впервые установлен Постановлением Правительства Кыргызской Республики № 696 от 15 декабря 1999 года, в целях формирования традиций пограничной службы Кыргызской Республики, пропаганды ее значимости и обеспечения преемственности.
Свою историю праздник ведет еще с советских времен, когда был установлен в 1958 году. А историческим событием, ставшим основой для выбора даты праздника, стало учреждение Декретом Совета народных комиссаров 28 мая 1918 года Пограничной охраны границы РСФСР.
23 мая 2003 года Постановлением Правительства Кыргызской Республики № 303 празднование Дня пограничника 28 мая было отменено, и установлена новая дата — 29 октября.
Отпраздновав дважды День пограничника Кыргызской Республики 29 октября, на основании Постановления Жогорку Кенеша Кыргызской Республики от 26 мая 2005 года № 296-III, учитывая обращение ветеранов пограничной службы Кыргызской Республики, в целях продолжения устоявшихся традиций пограничников и для дальнейшего формирования традиций пограничной службы Кыргызской Республики, Правительство приняло решение вернуть историческую дату — 28 мая.
После распада Советского Союза вопросы охраны внешних рубежей, в частности, кыргызско-китайской границы, были делегированы пограничным войскам Российской Федерации. После вывода подразделений Федеральной пограничной службы России, в целях защиты и охраны государственной границы, обеспечения суверенитета, территориальной целостности и неприкосновенности страны, Указом Президента Кыргызской Республики УП № 131 от 28 мая 1999 года была образована национальная пограничная служба Кыргызской Республики.
Пограничная служба Кыргызской Республики — единый государственный орган в системе исполнительной власти, предназначенный для охраны и защиты государственной границы, осуществления пограничного контроля, предупреждения и пресечения нарушений режима государственной границы, посягательств на суверенитет и территориальную целостность Кыргызской Республики.
В этот день торжественные мероприятия, посвященные профессиональному празднику стражей границы, проводятся во всех подразделениях Пограничной службы Кыргызской Республики.